Het groostste deel van het Honoursprogramma is het individueel project. Aan dit project van ongeveer 400 uur mag elke Honoursstudent een eigen invulling geven. Deze maand zal Valentijn van HP15 meer vertellen over zijn individueel project bij het RIVM.

Van februari tot en met april 2022 heb ik het vak Bioinformatica gevolgd als verplicht onderdeel van het bachelorprogramma. Dit vak vond ik erg leuk en ik merkte al gauw dat ik meer wilde doen binnen dit vakgebied. Het vak werd afgesloten met een symposium. Tijdens dit symposium gaf een onderzoekster / bioinformaticus van het RIVM een interessante presentatie over de genetische surveillance van Bordetella pertussis, de bacterie die kinkhoest veroorzaakt. Na de presentatie ben ik gelijk op haar afgestapt met de vraag of het mogelijk zou zijn om een stage te lopen binnen het RIVM en aan de slag te gaan met een project binnen dit onderwerp. Al vrij snel mocht ik op kennismakingsgesprek komen en in juli 2022 ben ik gestart met een stage van 7 weken.

Voor kinkhoest is een vaccin opgenomen dat is opgenomen in het Rijksvaccinatieprogramma. Dit vaccin is gericht tegen vijf verschillende eiwitten op het oppervlak van de bacterie. In de afgelopen jaren zijn er steeds meer bacteriën aangetroffen die nog slechts twee van deze vijf eiwitten op het oppervlak hebben. Hierdoor bestaat de kans dat het vaccin minder effectief wordt. Op den duur zou een vaccin hierdoor niet meer voldoende bescherming kunnen bieden aan de populatie. Binnen het RIVM wordt daarom nauwlettend in de gaten gehouden hoe de kinkhoestbacteriën in Nederland eruit zien. Dit is belangrijk om de effectiviteit van het Rijksvaccinatieprogramma te behouden en tijdig aanpassingen te doen als dit nodig is. Dit wordt ook wel ‘surveillance’ genoemd.

Wanneer iemand in Nederland wordt gediagnosticieerd met kinkhoest, wordt er een isolaat opgestuurd naar het RIVM (als dit mogelijk is). Bij het RIVM wordt de bacterie gesequenced. Aan de hand van de sequencing data kan er worden onderzocht hoe verschillend de bacterie is ten opzichte van andere bacteriën die zijn ingestuurd. Op deze manier kan worden onderzocht hoe de populatie van kinkhoestbacteriën in Nederland eruit ziet. Tijdens de analyse van de sequencing data wordt meestal gekeken naar het aantal verschillende allelen binnen een set van genen in het genoom van de bacterie. Deze set van genen wordt ook wel een ‘schema’ genoemd. Voor Bordetella persussis waren meerdere schema’s beschikbaar. Tijdens mijn stage heb ik de opdracht gekregen te onderzoeken welk schema het meest geschikt zou zijn om de pertussis populatie in Nederland in kaart te brengen. Hierna heb ik met dit schema de populatiestructuur in kaart gebracht. Tot slot heb ik onderzocht of ik met de sequencing data ook al uitspraken kon doen over de aan- of afwezigheid van de eerder genoemde vijf target eiwitten van het vaccin.

Tijdens mijn stage binnen het RIVM heb ik veel nieuwe dingen geleerd op het gebied van programmeren en data-analyse. Ik heb kennis gemaakt met Python en verschillende command-line tools. Ik heb mijn eerste eigen ‘programmaatjes’ geschreven waarmee ik data-analyses heb kunnen uitvoeren. Het was erg leuk en leerzaam. Bovendien heb ik een mooi beeld gekregen van het onderzoek dat wordt gedaan binnen het RIVM en heb ik veel mensen hier mogen leren kennen. Deze stage heeft mij erg enthousiast gemaakt om verder te gaan binnen de bioinformatica.