Mijn individueel project bestond uit twee delen. In het eerste gedeelte heb ik stage mogen lopen bij de groep van dr. Hugo van Ingen. Tijdens deze stage heb ik gekeken naar een eiwit genaamd Sox2. Sox2 is een belangrijk eiwit in verschillende biologische processen en is ook één van de Yamanaka factoren.  Tijdens mijn stage mocht ik dit eiwit op moleculair niveau bestuderen met behulp van een fantastische techniek, namelijk met de nuclear magnetic resonance, in kort NMR. Het grote voordeel aan deze techniek is dat eiwitten niet gedenatureerd hoeven te worden en daarom is het mogelijk om interacties en conformatieveranderingen van een eiwit te bestuderen. Dit heb ik dan ook gedaan tijdens mijn stage. Ik heb namelijk gekeken naar welk gedeelte van het Sox2 eiwit belangrijk is bij de interactie tussen Sox2 en DNA.

Na mijn stage ben ik begonnen aan het tweede gedeelte van mijn project, namelijk het maken van een animatievideo over mijn stage. Dit heb ik gedaan met de software van het programma Blender. In dit programma kan je een virtuele 3D omgeving maken en binnen deze omgeving is het mogelijk om een camera te laten bewegen om zo een animatie te maken. Dit programma heeft ontzettend veel mogelijkheden denk bijvoorbeeld aan het modeleren van eiwitten en DNA of het simuleren van bijvoorbeeld zwaartekracht op een voorwerp. Dit maakt het een ontzettend mooi programma om animaties mee te maken, maar ook enorm ingewikkeld. Zeker de eerste weken heb ik heel veel tijd gestoken in het leren van de basisvaardigheden. Toen ik deze basis eenmaal onder de knie had ging het animeren een stuk beter al waren dingen als het simuleren van een vloeistof met zwaartekracht een enorme uitdaging.

Sommige onderdelen van de video zijn nog vertrouwelijk en het is daarom niet mogelijk om de gehele video online te zetten. Hier zijn echter enkele sfeerbeelden uit de video om een kleine impressie te geven.

Op 5 februari heeft de carrière-oriëntatie dag plaats gevonden. Hier hebben verschillende Alumni van het honours programma van BMW verteld over hun carrière pad en huidige baan. Voor deze dag waren niet alleen honoursstudenten van BMW uitgenodigd, maar ook van andere gerelateerde studies, waaronder farmacie en CPS.

De dag begon met het interessante verhaal van Marjon van Ruiten over het doen van onderzoek en een PhD. Ze heeft verteld over de mogelijkheden in Utrecht maar ook haar ervaring in andere steden in Nederland en zelfs het buitenland. Daarna volgde een interactief praatje van Steven Marinus over de mogelijkheden bij het ministerie van gezondheid, welzijn en sport. Aan de groep was te merken dat iedereen het erg interessant vond om ook eens deze richting te bekijken. Hij heeft verteld over het project waar hij mee bezig is en hoe een dag in het leven van een beleidsmedewerker er uit ziet. Na een korte pauze gingen we door met een LinkedIn workshop over hoe het netwerken op dit platform je carrière kan helpen. We hebben gekeken naar vragen als ‘Hoe zorg je ervoor dat je profiel er aantrekkelijk uitziet?’ en ‘Welke dingen zijn essentieel om te benoemen?’. Een zeer nuttige workshop, waarbij het LinkedIn profiel van iedereen een stapje beter is geworden. De middag werd afgesloten door Diede Brunen, die kwam vertellen over werken in het bedrijfsleven. Hier hebben we kennis gemaakt met de wereld van venture capital investeren. Het was een leerzame dag waar veel verschillende carrière paden voorbij zijn gekomen die mogelijk zijn na BMW!

Voor mijn individuele project heb ik stage gelopen in het Centre for Molecular Medicine in het UMC Utrecht, in de groep van Maria Rodriguez-Colman. Gedurende 7 weken heb ik verschillende experimenten gedaan met betrekking tot de sub-cellulaire lokalisatie van twee metabolische enzymen: pyruvaat kinase M2 (PKM2) & isocitraat dehydrogenase 1 (IDH1). Naast hun metabolische functies hebben deze enzymen mogelijk ook invloed op transcriptie regulatie. Dit doen ze elk op een andere manier. Zo lieten een aantal studies zien dat PKM2 onder bepaalde omstandigheden in de nucleus kan worden aangetroffen, waar het functioneert als eiwit kinase die genexpressie beïnvloedt. IDH1 aan de andere kant, katalyseert een reactie waarbij alfa-ketoglutaraat wordt gevormd, een metaboliet die de epigenetische regulatie van genexpressie beïnvloedt als cofactor van verschillende demethylase-enzymen. Deze enzymen zijn bovendien geïmpliceerd in verschillende vormen van kanker.

Verder hebben deze enzymen eigenlijk niet heel veel met elkaar te maken hadden. Zo heb ik dus meegewerkt aan twee verschillende onderzoeksprojecten, wat naar mijn mening een goede keuze is gebleken. Hierdoor kon ik namelijk met meerdere technieken in aanraking komen en het metabolisme vanuit meerdere hoeken benaderen. Het Individueel Project was een mooie gelegenheid om te werken aan mijn praktische vaardigheden. Ik had namelijk het gevoel dat ik hier nog veel kon leren. Daarnaast was het een goeie kans om verder te oefenen met schrijven, wat ik toch altijd lastig blijf vinden.

Het eindproduct van mijn individueel project is een verslag, met een uitgebreid inleidingshoofdstuk over PKM2 en de mogelijke relatie tussen dit eiwit en genregulatie, waar ik voorafgaand en na de stage hard aan heb gewerkt. Daarnaast heb ik in het verslag de methoden, resultaten, data analyse, conclusie & discussie beschreven van de uitgevoerde experimenten gedurende de stageperiode heb uitgevoerd. Op deze manier heb ik een breed scala aan skills kunnen oefenen, die erg relevant zijn voor mijn ontwikkeling tot onderzoeker.

De sfeer op het laboratorium was altijd positief, en ik heb veel kunnen leren van alle leden van de onderzoeksgroep. Ik denk ook zeker dat ik mij thuis voel in een laboratoriumomgeving. Ik ben blij dat ik nu met meer zekerheid kan zeggen dat ik graag een onderzoeker wil worden.

Tijdens mijn tijd in het lab en tijdens het schrijven ben ik echter ook een aantal keren tegen mezelf aangelopen. Voor mij was de belangrijkste les, het leren omgaan met mislukte experimenten, en dan op een constructieve manier omgaan met de gemaakte fouten. Juist door de dingen die minder goed zijn verlopen, denk ik project aanzienlijk heeft bijgedragen aan mijn persoonlijke en professionele groei.